Если фрилансер работает как физическое лицо, то лучше всего с ним заключить договор об оказании услуг, в котором прописать, что все налоги с дохода за фриланс, возникающие на территории РФ, фрилансер оплачивает и декларирует сам. Также можно попросить фрилансера выставить вам инвойс, в котором также прописать пункт о том, что фрилансер обязуется сам уплатить налоги у себя в стране с полученного дохода. Или вы можете выставить такой инвойс за него сами, как делают, например, некоторые онлайн-казино, делающие выплаты своим рекламным партнерам по всему миру.